⼟壌DNA抽出

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土壌、活性汚泥などの広範な環境試料から、高純度の微生物等のDNAを抽出・精製するキットです。環境試料に存在する微生物の群集構造解析やリアルタイム定量PCRなどのアプリケーションに適しています。
黒ボク土からも高収率でのDNA抽出が行えます。

一般的にDNA抽出が困難とされる土壌について他社キットとの比較試験を実施した。
Extrap Soil DNA Kit Plus Ver2と他社キット3種について7種の土壌でDNA抽出を行った結果、すべての土壌において他社製品と同等またはそれ以上の測定値が得られた。Extrap Soil DNA Kit Plus Ver2は土壌に限らず、多種多様な環境試料から高純度・高収量でDNAを回収することができる。

日本の土壌は黒ボク土の影響により、DNAを吸着しやすい性質がある。DNA抽出バッファーにスキムミルクを添加することで、 DNAの土壌への吸着を防止する手法が知られているが、スキムミルクには微生物由来DNAが微量に含まれている可能性があり（上図参照）、精製DNAへのキャリーオーバーが生じる恐れがある。しかし、Extrap Kitが採用するDNA吸着防止剤は、微生物由来DNAの含有量が2.6 copies/μlと極めて少ないため、精製DNAへの影響が極めて小さい。したがって、Extrap Kitは微生物存在量が少ない環境試料からのDNA抽出にも使用できる。

細胞破砕（ビーズビーティング）
(1) Bead tubeに土壌試料0.5ｇ、Extraction buffer、Lysis solutionを添加し、ビーズビーティング（30～45秒間）。
(2) 遠心（5分）、上清採取。
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タンパク質除去
(3) PP solutionを添加し、遠心（5分）、上清採取。
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磁性ビーズによる精製（磁性ビーズのセパレーターはこちら ）
(4) MBs solution、Binding solutionを添加し、攪拌（2分）、集磁、上清廃棄。
(5) Washing solutionを添加し、攪拌、集磁、上清廃棄。
(6) エタノール水溶液を添加し、攪拌、集磁、上清廃棄。
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DNA溶出
(7) 風乾後、溶出液を添加し、65℃で5～10分加温。
(8) 集磁、上清採取 → total DNA。

自動化の実績もあります。