10kbまでの一本鎖DNAの調製ができます
Long ssDNA Preparation Kit (LsODN Preparation Kit)
※本製品は特許によって保護されています（特許第7004651号、特許第7305812号）。
製品の特長
- 1,500 base、3,000 baseまたは10,000baseまでの長鎖ssDNAが調製できます。
- 変異や末端の欠失を含まない長鎖ssDNAが得られます。
- 操作は、一般的なdsDNA断片の調製法とほぼ同じで、特別な機器や試薬は必要ありません。
- 製品には、ssDNA専用のゲル抽出キットも付属します。dsDNAと比較して回収率が低いと言われている長鎖ssDNAを高収率・高純度で得ることができます。
操作方法概略
-
キットに付属のプラスミドに、目的のDNA断片を2つのNicking酵素サイトの間またはNicking酵素サイトと制限酵素サイトの間に入るようにクローニングする。
- 目的DNA断片の両末端のNicking酵素や制限酵素でプラスミドを消化する。
- 消化したプラスミドをDenaturing Gel-Loading Bufferと混合し、変性させた後、アガロースゲルを用いて電気泳動する。
- 目的長鎖ssDNAバンドを切り出し、精製する。
キットに付属するLong ssDNA Gel Extraction Kitを用いた長鎖ssDNA精製例
Long ssDNA Gel Extraction Kitと他社カラムキットとの比較
当社キット(DS640 & DS650)と他社キットA, B, Cとの比較を行った。種々の長さのlssDNA（2μg)をアガロースゲル電気泳動で分離した後、対応するバンドのゲル片を切り出し、各社キットを用いて抽出回収（40μl溶出）した。回収したlssDNA 各16μlを取り、100μlに希釈して吸収スペクトルを測定した（上図）。一方、各5μlを取りアガロースゲル電気泳動を行った（下図）。
両実験結果は、いずれの長さのlssDNAも当社キットを用いた場合の回収率（79％～93%）が最も高いことを示していた。上図の結果から、AとBでは、 lssDNA中にゲル溶解剤GuSCNが混入し、吸収スペクトルによる正確な定量を難しくしていることがわかる。またCには一見ゲル溶解剤の混入は見られないが、NaI（ゲル溶解剤）を用いていることから吸収スペクトルではその混入を追うことはできない。また、アガロースゲル電気泳動の結果（下図）は、当社キットの回収率が高いことを示しているとともに、特に長い6Kbと10kbのlssDNAで分解の程度が軽微であることを示している。
キット内容
#DS615：Long ssDNA Preparation Kit for 1.5 kb
pLSODN-1
pLSODN-2D
Nicked pLSODN-1 (1.5 kb Fragment)
Denaturing Gel-Loading Buffer＊
Long ssDNA Gel Extraction Kit for 3kb＊
#DS625：Long ssDNA Preparation Kit for 3.0 kb
pLSODN-3
pLSODN-4D
Nicked pLSODN-3 (3 kb Fragment)
Denaturing Gel-Loading Buffer＊
Long ssDNA Gel Extraction Kit for 3kb＊
#DS635：Long ssDNA Preparation Kit for 10 kb
pLSODN PCR Template
Denaturing Gel-Loading Buffer＊
λ/HindIII DNA for Long ssDNA Preparation Kit＊
Long ssDNA Gel Extraction Kit for 10kb＊
＊単品販売もあります（下記参照）。
プラスミドの配列データ
DS615：pLSODN-1、pLSODN-2D
DS625：pLSODN-3、pLSODN-4D
DS635：13 kb vector、19 kb vector
※ファイルにはパスワード（Access ID）が設定されております。製品の箱に記載されているAccess IDをご入力ください。
使用文献
#DS615（旧製品コード #DS610）：Long ssDNA Preparation Kit for 1.5kb
#DS625（旧製品コード #DS620）：Long ssDNA Preparation Kit for 3kb
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Lai S. et al., Sci. Rep., (2022) 12, 8837.
Asamitsu S. et al., Sci. Adv., (2023) 24, 9(8), eade2035.
Morgner J. et al., Dev. Cell., (2023) 10, 58(7), 535-549.
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Krishnan V. et al., Biosensors (Basel), (2022) 1, 12(6), 383.
#DS611、#DS612：Denaturing Gel-Loading Buffer
Wei L. et al., Nature Commun., (2021) 1, 12(1), 1591.
Bisia A. M. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2023 Oct 31;120(44).
#DS640：Long ssDNA Gel Extraction Kit for 3kb
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